中国地质博物馆暨烟台自然博物馆共设13个厅馆,包括主题序厅、地球厅、矿产厅、黄金厅、化石厅、生物厅、根雕艺术馆、观赏石馆、甲骨文与王懿荣馆、美术馆、内画馆、四大名著根雕馆与文房四宝馆。馆藏各类藏品近万件。